Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Palopo terbentuk pada tahun 2015. Sebelumnya, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam ini adalah suatu program studi pada Fakultas Syariah STAIN Palopo yakni program studi ekonomi syariah dan perbankan syariah.
Melalui Surat Keputusan Nomor 11 Tahun 2015 tentang alih status STAIN ke IAIN, maka Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Palopo berubah/beralih menjadi Institute Agama Islam Negeri Palopo, tepat pada tanggal 14 Oktober 2014 dan diresmikan pada 23 Mei 2015 oleh Menteri Agama Republik Indonesia.
Penyelenggaraan kegiatan akademik di Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Palopo pertama kali dilaksanakan pada bulan April 2014 berdasarkan Surat Keputusan Pendirian Nomor 11 Tahun 2014.
